Independiente no tardó en reaccionar luego del fallo adverso en la Copa Sudamericana, que resultó en la descalificación del equipo. En un duro comunicado oficial, el club acusó al presidente de Conmebol, Alejandro Domínguez, y a la entidad en general de favorecer a las Sociedades Anónimas Deportivas (SAD), como la Universidad de Chile, en detrimento de los clubes tradicionales como el "Rojo". En su misiva, firmada por el presidente Néstor Grindetti y el secretario general Daniel Seoane, se destacó que la resolución “ignora los reglamentos vigentes” y considera que el fallo “condena injustamente al club”. En su descargo, los directivos exigieron que se retiren todas las referencias al club en el museo de Conmebol, ubicado en Luque, Paraguay, como una forma de rechazar lo que consideran un trato injusto. Además, informaron que ya apelaron la decisión y no descartan solicitar la suspensión del partido de cuartos de final entre la U de Chile y Alianza Lima. En el escrito, Independiente destacó su condición de asociación civil sin fines de lucro, a diferencia de clubes que han adoptado el modelo de sociedad anónima, aludiendo especialmente al caso de la Universidad de Chile, cuya estructura estaría orientada hacia “la rentabilidad y la especulación empresarial”. Según los directivos de Independiente, Conmebol estaría priorizando los intereses comerciales sobre la esencia deportiva. "La violencia, un atajo para evitar la competencia" Independiente también cuestionó el precedente que sienta esta decisión de la Conmebol, señalando que el fallo da pie a un uso de la violencia como “un atajo” para evitar que un equipo sea superado en el campo de juego. En palabras del club, "los violentos de siempre pueden salirse con la suya", lo que consideran un mensaje devastador para el fútbol sudamericano, enviando una señal contradictoria a la comunidad deportiva. El comunicado finalizó con una reflexión sobre los valores sociales que dieron origen a los clubes, que según el club de Avellaneda, parecen estar siendo diluidos en favor de intereses privados y económicos.