Durante la visita del pontífice al vecino país, la presencia de ese obispo generó críticas y dejó al Papa en una mala posición porque lo defendió públicamente, cuestión por la cual después pidió perdón. Al parecer arrepentido, decidió enviar a un investigador del Vaticano a escuchar las acusaciones. "A propósito de algunas informaciones recientes con respecto al caso de S.W. Mons. Juan de la Cruz Barros Madrid, Obispo de Osorno, el Santo Padre ha dispuesto de S.E. Mons. Charles J. Scicluna, Arzobispo de Malta y Presidente del Colegio para el examen de los recursos en la Sesión Ordinaria de la Congregación para la Doctrina de la Fe, se desplace a Santiago de Chile para escuchar a quienes han manifestado la voluntad de dar a conocer elementos que poseen", señala un documento oficial del Vaticano. La decisión del Papa ocurre dos semanas después del viaje que realizó a Chile y Perú. Pese a que pidió perdón a las víctimas de abusos sexuales cometidos por miembros de la iglesia, la presencia de Juan Barros en tres actividades oficiales marcó su visita al país.